После этого храм превратили сначала в конюшню, затем в годы Великой Отечественной войны в склад боеприпасов, пекарню, конфетную фабрику, склад сельпо, а затем в оптовый магазин ГОССНАБА СССР.    

Возрождение храма Архангела Михаила началось в 1994 году,  игумен Лука отслужил молебен - первый за долгие годы  запустения и безбожия. А уже в следующем, 1995 году, в полуразрушенном храме священник Константином Молчанов совершил первую после многих лет забвения Божественную Литургию, положив начало духовной жизни поселка Кубинка.

В 1994 году северный придел храма был освящен в честь Иверской иконы Божией Матери. В 1996 году храм Архангела Михаила стал Патриаршим Подворьем. С 2000 года при храме действует воскресная церковно–приходская  школа, библиотека.

21 ноября 2003 года приход отметил 200-летие со дня закладки основания храма.  В подготовке к празднику принимал участие А. Г. Гладышев, глава Одинцовского района, который выделил  средства  на ремонт храма. На территории храма была возведена деревянная крестильная и колокольня. К юбилею храма братия Саввино-Сторожевского мужского ставропигиального монастыря подарили приходу колокола.

В период с 2007 по 2012 годы на территории храма построены церковные здания для воскресной церковно-приходской школы.          

         При Подворье Патриарха Московского и всея Руси храме Архангела Михаила организовано подсобное хозяйство на территории площадь в 3,12 Га в деревне Дютьково городского поселения Кубинка.  На подсобном хозяйстве Патриаршего Подворья построена ферма, дом для проживания прихожан, овощное хранилище, курятник, есть пасека.  

         Среди наиболее заметных гостей, которые посетили храм Архангела Михаила, можно отметить нынешнюю главу династии Романовых Великую княгиню Марию Владимировну, праправнучку императора Александра II, внучатую племянницу императора Николая II. Осенью 2006 года великая княгиня   приехала с визитом в Одинцовский район накануне церемонии перезахоронения императрицы Марии Федоровны, которая состоялась в Петропавловском соборе в Санкт-Петербурге. Великая княгиня с радостью проехала по родной земле. Достаточно много времени дорогая гостья провела и в храме Архангела Михаила. На территории храма Архангела Михаила она возложила цветы к памятнику защитникам и молитвенникам Земли Русской, положившим свою жизнь за веру, Отечество и народ в 1812 и 1941-1945 годах.

       В 2009 году исполнилось 200 лет со времени первого Богослужения в храме Архангела Михаила. Сквозь столетия, пронесшиеся над нашей землей огненными вихрями войн, разрушений, гонений - сквозь все это прошел храм Архангела Михаила, как символ неистребимого стремления человека к духовным вершинам, как живое свидетельство того, что Бог поругаем не бывает, что нет преград, которые не преодолела бы вера Христова. И никаким дьявольским козням не дано победить силу Начальника Воинства Небесного – Архистратига Михаила. 

13 Ноября 2016г. по благословлению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла в Храме Архангела Михаила было совершено Великое освящение(миропомазание). После осквернений и поруганий храма, которое, к сожалению, происходило за его 300-летнюю историю, во всех трех приделах были положены мощи - в придел Иверской иконы Божьей Матери (левый) – частицу мощей священномученика Владимира (Четверина), в придел Святителя Леонтия Ростовского (правый) – частицу мощей священномученика Николая (Любомудрова) Ярославского, в Архангельский придел (центральный) - частицы мощей святых преподобомученников во обители св. Саввы убиенных. Освящал храм Преосвященнейший епископ Савва (Воскресенский). Сослужили ему отец благочинный прот. Виктор Сандар, священники и иподьяконы Московской Патриархии. На Небе у жителей Кубинки появились новые заступники - священномученики Владимир, Николай и святые преподобомученики во обители Св. Саввы убиенные! Бог один ведает для чего нам такой подарок! Это безусловно важно для нас с вами, для наших детей и внуков!