В 1803-1809 гг., на рубеже XVII-XVIII веков, по благословению священноначалия, в селе Кубинка взамен старой деревянной церкви был построен каменный храм в честь святого Архангела Михаила – предводителя небесного воинства с одним из приделов в честь святителя Леонтия Ростовского. Камень использовали из каменоломен села Васильевского. Здесь добывали известняк на берегу Москвы-реки. Известняк был слегка желтоват, но со временем приобретал серый оттенок.

Тогда вокруг церкви сложился центр общественной жизни села. Сюда в храм собирались люди со всей округи. Храм объединял людей, совершенно разных по своему социальному происхождению, богатству и образованию.  В храме проходила вся жизнь сельчан – здесь крестили, венчали, провожали в последний путь. Около храма проходили мирские сходы, устраивали гулянья, пели, водили хороводы.  Храм объединял село, был его духовным центром.

К сожалению, не найдено исторических сведений о  священнослужителях, которые строили  храм в 1803-1809 годы.  Это связано с пожарами и бедствиями, которые понес православный русский народ в Отечественной  войне 1812 года.

      В 1812 году  храм Архангела Михаила оказался на пути наполеоновских полков, рвавшихся к Москве с запада. Святой Архангел Михаил - покровитель воинства небесного, стал покровителем воинства земного.  Во время Бородинского сражения в храме непрестанно молились о победе, одновременно в нём располагался госпиталь для раненых солдат.  Источники свидетельствуют, что командующий арьергардом русской армии генерал Милорадович М.А. наблюдал с высокой колокольни за передвижением французских войск.

После войны, в 1813 году трудами  прихожан  под    руководством    священника Никиты  Иванова, дьякона Александра Алексеева возобновилось Богослужение в храме  Архангела Михаила.

К средине XIX века в связи с увеличением прихожан и  теснотой в  храме были сделаны пристройки с северной и южной стороны. В 1862 году заботами священника Иоанна Недоумова, дьякона Иоанна Цветкова и трудами прихожан были пристроены алтарные части нынешних приделов – южного в честь святителя Леонтия Ростовского и северного в честь святителя Николая архиепископа Мирликийского чудотворца.

Трудами священников Венедикта Троицкого, Петра Виноградова, дьякона Иоанна Христофорова   и   прихожан, храм Архангела Михаила приобрел нынешний вид. Холодный храм с центральным приделом Архистратига Михаила был соединен с теплыми северным и южным приделами устройством арок. Был отлит колокол в 300 пудов (5 тонн) взамен старого в 154 пуда. В 1909 году приход праздновал 100-летие открытия храма.  

После октябрьской революции представители новой власти вынесли из храма Архангела Михаила все ценное, разрушили колокольню. Тем не менее, еще без малого 20 лет в храме совершались Богослужения, до 1937 года – периода репрессии священнослужителей.

26 ноября 1937 года настоятель храма пресвитер Григорий Воинов отслужил последнюю воскресную Божественную Литургию перед закрытием храма. После Богослужения он был арестован, а 8 декабря 1937 года   расстрелян на Бутовском полигоне. Ныне он прославлен в лике священномучеников Русской Православной Церкви.